Caracterização e análise da região codificadora do gene fruitless em moscas-das-frutas (Anastrepha obliqua)
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Universidade Federal de São Carlos
UFSCar
Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEv
Campus São Carlos
UFSCar
Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEv
Campus São Carlos
DOI
Abstract
Description
The fruit flies (Anastrepha sp) are organisms endemic to the Neotropics that are similar
morphologically but present some behavioral, reproductive and molecular variations. Among these
insects we can highlight the fraterculus group, which consists of a set of cryptic species, between
them Anastrepha oblique, that represents threats to national fruit culture. The effective control of this
grouping requires the expansion of the few studies concerning to the biology and history of
populations which has a very complex systematic. Previous works suggest a high rate of evolution of
genes related to reproductive issues and recognition of partners due to the high selective pressures
involved in that relationship, hence, we chose to work with the fruitless gene which is recognized for
its role in sexual differentiation and male courtship behavior in dipteran insects. Since a small region
of this gene was already been amplified in our laboratory, we amplified and described the flanking
sequences by RACE-PCR technique which used primers constructed targeting the 5 'and 3' ends. We
used cDNA libraries produced from the extraction of mRNAs from different stages of development
of these organisms enabling the identification of different isoforms arising from alternative splicing
and structural characterization of the coding region (CDS) common to both sexes. We compared the
data generated with the corresponding sequences of the fruitless gene in other insect species
identifying the rate of similarity for nucleotides and amino acids (identity ratio) which revealed that
the éxons coding for specific domains such as BTB and Zinc Fingers tend to remain more conserved
in relation to other regions and éxons from Connector Region. Subsequently, we performed positive
selection tests through the Relaxed Branch-site test and Strict Branch-site test, which were contrasted
by Likelihood Ratio Tests (LRT) which identified 25 new sites evolving under positive selection,
corroborating the findings of Sobrinho e de Brito (2010) and suggesting the presence of these forces
on specific regions of this important gene linked to reproductive aspects of several major groups of
insects.
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
As moscas-das-frutas (Anastrepha sp) são organismos endêmicos da região neotropical que apesar de serem semelhantes morfologicamente distinguem-se por variações comportamentais, reprodutivas e moleculares. Entre esses insetos podemos destacar o grupo fraterculus o qual é composto por um conjunto de espécies crípticas, entre elas Anastrepha obliqua, que representam ameaças à fruticultura nacional. O controle eficiente deste agrupamento exige a ampliação dos ainda escassos estudos referentes à biologia e história das populações cuja sistemática tem se mostrado bastante complexa. Trabalhos anteriores sugerem uma alta taxa evolutiva agindo sobre genes relacionados a aspectos reprodutivos e reconhecimento de parceiros devido as elevadas pressões seletivas envolvidas nessa relação, para tanto, escolhemos trabalhar com o gene fruitless por sua reconhecida importância na diferenciação sexual e comportamento de corte nos machos nos insetos dípteros. Uma vez que dispúnhamos de uma pequena região já amplificada deste gene em nosso laboratório, amplificamos as sequências flanqueadoras através da técnica de RACE-PCR que utilizou primers construídos e orientados para as extremidades 5´ e 3´. Foram utilizadas bibliotecas de cDNAs produzidas a partir da extração de mRNAs de diferentes estágios de desenvolvimento desses organismos possibilitando a identificação de diferentes isoformas provenientes de splincing alternativo e caracterização estrutural da região codificadora (CDS) comum a ambos os sexos. Comparamos os dados gerados com as sequencias correspondentes do gene fruitless em outras espécies de insetos identificando sua taxa de identidade nucleotídica e de aminoácidos as quais revelaram que os éxons que codificam domínios específicos como BTB e Zinc Fingers tendem a se manter mais conservados em relação às demais regiões e aos éxons da Região Conectora. Posteriormente, realizamos testes de seleção positiva conhecidos como Relaxed Branch-site test e Strict Branch-site test, os quais foram contrastados pelo Likelihood Ratio Test e possibilitaram a identificação de 25 novos sítios evoluindo sob seleção positiva, corroborando as descobertas de Sobrinho e de Brito (2010) e sugerindo a atuação dessas forças sobre regiões específicas deste importante gene ligado aos aspectos reprodutivos de diversos grupos principais de insetos.
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
As moscas-das-frutas (Anastrepha sp) são organismos endêmicos da região neotropical que apesar de serem semelhantes morfologicamente distinguem-se por variações comportamentais, reprodutivas e moleculares. Entre esses insetos podemos destacar o grupo fraterculus o qual é composto por um conjunto de espécies crípticas, entre elas Anastrepha obliqua, que representam ameaças à fruticultura nacional. O controle eficiente deste agrupamento exige a ampliação dos ainda escassos estudos referentes à biologia e história das populações cuja sistemática tem se mostrado bastante complexa. Trabalhos anteriores sugerem uma alta taxa evolutiva agindo sobre genes relacionados a aspectos reprodutivos e reconhecimento de parceiros devido as elevadas pressões seletivas envolvidas nessa relação, para tanto, escolhemos trabalhar com o gene fruitless por sua reconhecida importância na diferenciação sexual e comportamento de corte nos machos nos insetos dípteros. Uma vez que dispúnhamos de uma pequena região já amplificada deste gene em nosso laboratório, amplificamos as sequências flanqueadoras através da técnica de RACE-PCR que utilizou primers construídos e orientados para as extremidades 5´ e 3´. Foram utilizadas bibliotecas de cDNAs produzidas a partir da extração de mRNAs de diferentes estágios de desenvolvimento desses organismos possibilitando a identificação de diferentes isoformas provenientes de splincing alternativo e caracterização estrutural da região codificadora (CDS) comum a ambos os sexos. Comparamos os dados gerados com as sequencias correspondentes do gene fruitless em outras espécies de insetos identificando sua taxa de identidade nucleotídica e de aminoácidos as quais revelaram que os éxons que codificam domínios específicos como BTB e Zinc Fingers tendem a se manter mais conservados em relação às demais regiões e aos éxons da Região Conectora. Posteriormente, realizamos testes de seleção positiva conhecidos como Relaxed Branch-site test e Strict Branch-site test, os quais foram contrastados pelo Likelihood Ratio Test e possibilitaram a identificação de 25 novos sítios evoluindo sob seleção positiva, corroborando as descobertas de Sobrinho e de Brito (2010) e sugerindo a atuação dessas forças sobre regiões específicas deste importante gene ligado aos aspectos reprodutivos de diversos grupos principais de insetos.
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